奥德赛选择国家的方法是：进入游戏后，先把每一关国度都通关后才可以随意选取已过关的国家，未通过的是灰色，已通过颜色就亮了点击亮的就能选择。
奥德赛国家通关顺序为帽子国戴布伦，瀑布国达伊纳弗，沙之国阿炽尼亚，湖之国德莱西山谷，森之国思机姆伽庭，云之国格兰大朦可，遗落之国落失岛。
都市国纽敦市，雪之国帕达博乌尔，海之国舒瓦舒瓦纳，料理国波尔波诺，被夺之国霍洛比亚，酷霸王之国酷霸王城堡，月之国甜蜜环形山，蘑菇王国桃花公主城堡。
通过后这些国家标志将亮起，随机点击想选择的国家即可激活。
桃花公主又一次在马力欧面前被掳走了。酷霸王这次的目的，居然是要和桃花公主举办婚礼！为了准备举行盛大的婚礼，酷霸王把世界搅了个天翻地覆。马力欧为了阻止婚礼，火速追赶酷霸王。但是，出现在在马力欧面前的布鲁达尔兹，却阻拦了他的去路。
马力欧在追踪酷霸王时的好搭档，就是变身为马力欧标志性红帽子的，帽子国居民凯皮。借助凯皮的强大力量，冒险如有神助，居然还能附身于敌人，并自由操纵它们。
乘坐飞船奥德赛号， 以“某一个”地球为舞台，前往世界之旅。收集散落于全世界的力量之月， 就能提升奥德赛号的动力，这样马力欧就可以飞向更多的国度了。