间谍和卧底的区别在于词义不同、性质不同、从事人员不同等。
性质不同：间谍多指在间谍情报机构工作的特工被秘密派遣到对方地区工作，以窃密为主，多为不合法的谍报活动。间谍窃密的方式有的时候是通过合法的手段，有的时候会采用不合法的手段，主要是以窃取内容和结果为主。卧底大多是秘密潜入敌方阵营，暗中搜集情报，帮助己方更精准的打击敌方。
词义不同：常说的间谍多为贬义词，多指敌方派过来的细作，卧底多为褒义词，多指己方派出的特工。
从事人员不同：间谍可以是从事此类工作的人员或者花钱雇佣的有此方面经验的人员。卧底多在社会或者学员警察中选取，必须是“新”面孔。