西州密瓜和哈密瓜的本质区别在于两者的外形形态不同、口感不同、植株不同。
外形形态不同：西州蜜瓜呈圆形、其表皮为深绿色且较光滑，瓜身上的网纹深浅不一，产在河南。哈密瓜呈长圆形的、表皮较粗糙且有纵沟纹，产于新疆哈密。
植株不同：西州蜜瓜一年生匍匐或攀援草本，茎、枝有棱，有黄褐色或白色的糙硬毛和疣状突起。其卷须纤细且单一，被微柔毛。哈密瓜是一年生匍匐或攀援草本，其茎、枝有棱，有黄褐色或者白色的糙硬毛和疣状突起。
口感不同：西州蜜瓜属甜瓜的一种，因此其果肉肥厚、中心为橘红，有香甜味。哈密瓜具有独特的风味，瓜肉肥厚，清脆爽口。