阜宁东站和阜宁南站在建筑面积、使用时间、位置等方面有所不同。
建筑面积：阜宁东站项目总面积有114774平方米，总建筑面积2700平方米，站前广场面积20485平方米；而阜宁南站截止2019年12月总用地面积为131614平方米，其中站房面积8000平方米，站前广场面积5614平方米。
使用时间：阜宁东站在2018年12月26日开始运营；而阜宁南站在2019年7月完成主体结构建设，在2019年的12月16日使用。
位置：阜宁东站位于江苏省盐城市阜宁县老沙村；而阜宁南站位于江苏省阜宁县益林镇东兴村。