拍马屁的由来说法较多，有的说古代的蒙古人有个习惯，当两个人牵马相遇，打招呼时就会在对方的马屁股上拍一下以表敬意；也有的说蒙古人天生喜欢马，如果谁家的马长得膘肥体壮的，马屁股一定会鼓鼓囊囊的，而且周围的人看到这种马会拍下马屁股，然后对马主人称赞一番；还有的说蒙古人善于骑射，当遇到性格暴烈的马只要拍拍屁股让马舒服，并乘机上马。
拍马屁源于元朝文化，蒙古族的一般百姓牵着马相遇时，常要拍拍对方马的屁股，摸摸马膘如何，并附带随口夸上几声“好马”，以博得马主人的欢心。
可是相沿很久以后，有的人不管别人的马好坏、强弱，都一味地只说奉承话，把劣马也说成是好马了。逐渐人们就把对上司的奉承称为“拍马屁”，用于讽刺不顾客观实际，专门谄媚奉承、讨好别人的行为。