外三元和内三元的区别在于性质不同、特征不同、价格不同。
外三元：母本、第一父本、第二父本均为外来良种猪，杂交生产出三元杂交瘦肉猪。一般是先用长白猪品种的公猪配大白猪品种的母猪，所产二元杂交种中的母猪长大后,再用杜洛克公猪交配,就呌三元杂交,所生后代叫三元杂交种。选用外来品种杂交而成，杜洛克公猪为父本,长白公猪和大白母猪杂交选留的杂交母猪为母本进行交配,得到的杜长大二代杂种猪就是三元猪。这些种猪都来源于国外。
内三元：以本地优良母猪为母本，一般先用大约克公猪为第一父本，杂交生产出一代杂种母猪即二元母猪，再用杜洛克或长白公猪等作第二父本与二元母猪杂交，生产出三元杂交猪。如果这三个品种中有一到两个我国的品种，则称为内三元，如长白、大白、东北民猪；如果三个品种都是我国地方品种，称土三元或土杂猪，内江猪、荣昌猪、滇南小耳猪。我国地方良种猪一般都有良好的繁殖性能，产仔多，母性好。
相同点：均要以繁殖性能好的品种为母本,以生长速度快为父本，然后进行最优杂交组合筛选试验，选出最优杂交组合。