长期使用转基因食用油，可能会出现嗜酸性肌痛、胃肠道问题、过敏、心脑血管疾病等问题。如果转基因技术采用耐抗菌素基因，这就意味着转基因作物中的突变基因，可能会进入到生物体内，其结果可能会使人患上新的疾病。所以，大家在购买食用油的时候，可以仔细辨别标识，无论是葵花籽油还是其它的油，最好是购买非转基因的。
葵花籽油没有转基因的，在食用油当中，只有菜籽油，玉米油，大豆油有转基因。转基因食用油会降低食品的营养价值，使其营养结构失衡，并且基因化食品改变了我们所食用食品的自然属性，它所使用的生物物质不是人类食品安全提供的部份，未进行长时间的安全试验，安全性无法得到保障。