１、加热原理不同
烤箱是利用加热管的热辐射进行加热的，而且属于传统的加热方式，食物由外及里的传热。而微波炉是用微波来煮饭烧菜的。食物由里及外的传热，两种加热方式有着本质上的区别，一个是电热加热，一个是电磁波加热，因此造成了其烘烤效果的不同。
２、加热效果不同
微波炉的微波穿透食物时产生热能效应，在加热的同时，会使食物的水分和营养的流失加快。
烤箱用来烘焙食物，虽然现在的微波炉也可以做蛋糕、烤鸡翅、做披萨等，但是很难做出烤箱那么出色的烘焙效果，烤箱是由外及里的加热，所以食材靠近加热管的部分熟的很快。